由协同创新中心牵头单位组织、协调，行业主管部门负责，与协同单位协商建立实质性、开放式组织管理机构。成员由协同创新单位副高或博士以上资历人员中根据研究方向双向选择组成，组建核心研究团队，实行聘任制。根据创新目标任务，设置不同级别的岗位，根据决策、执行和监督三个层面权责明晰的原则，成立协同创新中心理事会，下设业务部门、管理部门和咨询部门。

相关机构职能说明：

中心理事会为中心的最高决策机构，由核心协同单位领导组成，理事长由牵头单位领导担任，副理事长由行业主管部门领导担任。

学术委员会是中心为推进科学决策，聘请国内相关专业的专家学者组成的一个机构，主要对中心发展规划和年度工作方案进行学术把关与咨询服务。

综合管理办公室负责处理协同创新中心日常事务，财务、人事、公共财产管理，绩效考评等工作。

人才培养部负责制定协同创新团队建设规划，负责协调硕士、应用型本科生、技术技能应用型创新人才培养工作，负责组织培训推广实用人才。

科研项目管理部负责制定（审定）规划，提出技术需求与难题，设计研究课题与项目，组织科技攻关，管理知识产权等工作。

技术推广部负责开展产学研对接、引进和推广先进实用技术成果，组织科技合作与对外交流，开展协同创新中心主要研究领域科普宣传等。